A atuação do Operador Nacional do Sistema Elétrico está sujeita à fiscalização do Tribunal de Contas da União, segundo conclusão do próprio TCU. Isso significa que o órgão poderá realizar auditorias, solicitar informações sobre procedimentos adotados e fazer determinações e recomendações ao ONS.

Em processo votado na última quarta-feira, 6 de abril, o tribunal argumentou que embora o operador seja uma entidade de natureza privada, tanto a Agência Nacional de Energia Elétrica quanto o Ministério de Minas e Energia necessitam de suas ações para administrar o sistema elétrico. Além de programar a operação do sistema, o ONS é responsável por firmar Contratos de Prestação de Serviço de Transmissão e Contratos de Uso do Sistema de Transmissão, além de contratos de conexão e de serviços ancilares. O orçamento anual do operador do sistema tem como fonte principal parcela dos encargos de uso da transmissão, que representam 97% da receita; contribuições dos associados e outras receitas autorizadas pela Aneel. 
 
A atribuição está prevista, de acordo com o TCU, no Artigo 70 da Constituição e na Lei 8.443, de 1992. A discussão sobre a subordinação do ONS ao crivo do órgão começou quando o operador questionou a obrigação de atender as determinações, quando solicitado a se manifestar em dois processos do tribunal. As informações pedidas foram enviadas pelo ONS.  
 
Para o operador uma eventual fiscalização “necessariamente recairia sobre as mesmas atividades já fiscalizadas pela Aneel, implicando sobreposição de competências e inobservância do princípio da eficiência”, previsto na Constituição. “O ONS é uma entidade cujas atividades possuem caráter essencialmente público e que exerce atribuições de matérias sob competência da União mediante autorização do Poder Concedente”, observou o relator do processo, ministro Vital do Rego.  
 
A decisão equipara o ONS a outras organizações de natureza privada, que estão subordinadas ao controle externo do tribunal. O TCU é responsável, por exemplo, pelo acompanhamento e aprovação de contas de entidades empresariais do chamado sistema S, que agrega instituições como o Serviço Social da Indústria – Sesi e o Serviço Nacional  a Indústria – Senai. Essas instituições recebem recursos públicos.