A Agência Nacional de Energia Elétrica decidiu manter a multa de R$ 2.351.497,89  por operação e manutenção inadequada da usina. No começo de novembro de 2017, a Aneel fez fiscalização na Santo Antônio Energia, com o objetivo de avaliar o desempenho da UHE Santo Antônio, no que se refere à geração efetiva de energia das usinas, em comparação com os valores esperados de geração e a garantia física. A fiscalização se justificava porque no período entre janeiro de 2013 a fevereiro de 2017 a geração média de 1.024 MW med ter sido equivalente à 42,3% da Garantia Física. Mesmo considerando que nessa época era a etapa de motorização da  usina, o valor verificado foi abaixo do esperado. De acordo com a agência, foram  registradas cinco não conformidades.

A Saesa recorreu e pedia conversão da multa em advertência, alegando entre outras coisas, a especificidade da UHE Santo Antônio, considerando seu longo período de motorização em virtude das 50 unidades geradoras em um único barramento a tornaria um caso especial. Segundo ela, a resolução dos problemas duraria mais tempo que o habitual em outras UHEs. Para ela, os prazos executados não seriam descabidos, o que anularia a inadequação na gestão de O&M da usina.

Para a Aneel, as avaliações anteriores já eram motivo de atenção e mesmo os problemas recorrentes identificados em fiscalizações não foram completamente sanados, além de terem sido verificados problemas recorrentes novos, acrescidos de um descompasso nas ações de manutenção, “ilustrada pela programação de paradas fora da janela hidrológica ideal para otimização da operação, o que já havia sido identificado em 2016 e 2017”. O voto do diretor Rodrigo Limp ressaltou ainda que não foram encontrados no recurso razões para alteração da penalidade aplicada, mantendo a multa.